初代校長に就任した水島銕也は、実務を重視する観点から商業学校からの入学を認めるなど独自の入試制度や教育課程を整備し、東京高等商業学校との違いを際立たせた。現在の経済経営研究所につながる商業研究所は、調査課を改組して1919（大正8）年に設置された。

1923（大正12）年、高等教育機関拡張の流れの中で、神戸高等商業学校の大学昇格が決まり、1929（昭和4）年から神戸商業大学となった。高等商業学校時代に入学した生徒は附属商学専門部に所属することになった。その後、現在の六甲台に学舎が新築され、1935（昭和10）年に竣工式が挙行された。

1940年代には大学の組織が大きく動いた。まず1940（昭和15）年に、神戸商業大学予科が設置された。1944（昭和19）年には時勢を反映して商業研究所が大東亜研究所と改められ、大学自体の名称も神戸商業大学から神戸経済大学に改められた。他方でこの頃から経営にかかわる計算機の研究と教育が本格化し、1944（昭和19）年には経営計算研究室を母胎とする経営機械化研究所と経営計録講習所が設置された。

敗戦を経て1945（昭和20）年には大東亜研究所が経済研究所と改められた。また1946（昭和21）年には附属経営学専門部が、1947（昭和22）年には第二学部（夜間部）が設置された。
※文理学部文科のプランは神戸経済大学予科教官らによって立てられた。